Une question ? Posez-la à ADAM ! C’est ainsi que procède le département R&D DanBred avant d’introduire des modifications dans le programme de sélection porcine. ADAM est un programme informatique, développé par l’Université d’Aarhus et le Centre danois pour la recherche porcine, qui permet de réaliser des simulations dans le cadre du programme de sélection DanBred.
Quel gain génétique supplémentaire pouvons-nous réaliser au cours des 5, 10 ou même 20 prochaines années en réalisant des tests génomiques sur l’ensemble des reproducteurs du noyau de sélection ? Quels résultats obtient-on en modifiant tel ou tel objectif de sélection ? Pouvons-nous renforcer le gain génétique obtenu pour la conversion alimentaire en mesurant la quantité totale d’aliment consommée par des porcs d’une même case ? C’est pour répondre à toutes ces questions et à bien d’autres qu’ADAM est utile. À l’instar d’une « boule de cristal », il prédit les résultats des modifications que nous projetons d’introduire dans le programme de sélection DanBred.
ADAM aboutit à ces prévisions en effectuant des simulations qui calquent le fonctionnement du programme de sélection. Il génère pour cela des « reproducteurs simulés par ordinateur », dotés chacun de son ADN spécifique. Ils sont élevés, puis leurs performances sont testées au sein d’élevages de sélection et de multiplication ainsi que dans la station de tests de Bøgildgård.
« ADAM est un outil conçu afin d’évaluer des décisions en matière de sélection. Il nous permet de prendre les bonnes décisions pour le programme de sélection DanBred, grâce à l’éclairage nécessaire. C’est un des outils qui permet à nos efforts d’amélioration génétique de rester à la pointe », indique Mark Henryon, Scientifique senior au sein du Centre danois pour la recherche porcine.
« Nous utilisons ADAM pour comparer différents scénarii. Nous l’avons ainsi interrogé lorsque nous avons envisagé pour la première fois d’effectuer des tests ADN sur tous les reproducteurs du noyau de sélection DanBred. À cette occasion, nous avons demandé à ADAM de déterminer quel gain génétique supplémentaire nous obtiendrions en augmentant de 40 % à 100 % la proportion de reproducteurs soumis à des tests ADN. ADAM a conclu qu’il serait avantageux de tester tous les reproducteurs : le gain génétique supplémentaire obtenu ainsi serait très important. »
Simulations contre expérimentations en conditions réelles
Les outils de simulation informatique tels qu’ADAM sont la seule méthode pratique pour évaluer des décisions de sélection. En effet, il n’est malheureusement pas possible de mener des expérimentations de sélection « grandeur nature » avec nos reproducteurs chaque fois que nous souhaitons introduire des changements dans le programme de sélection, car ces expérimentations s’étendraient sur des durées de 5 à 10 ans. Le nombre de reproducteurs, le temps et les coûts, rendent de telles expériences irréalistes. La simulation par ordinateur est véritablement la seule option possible. C’est donc là qu’ADAM entre en jeu pour nous aider à prendre les bonnes décisions », explique Mark Henryon. Ce dernier ajoute toutefois que réaliser des simulations sur un outil tel qu’ADAM exige du temps et beaucoup de préparatifs. « Il ne suffit pas d’appuyer sur un bouton du logiciel pour lancer une simulation. Les prédictions du programme ne valent que si les informations avec lesquelles on l’alimente sont de qualité. Il reste toujours nécessaire de comprendre les mécanismes génétiques qui sous-tendent les divers caractères, la structure de la population de sélection et la stratégie de sélection, pour ne citer que quelques-uns des paramètres d’entrée requis. Il faut concevoir les expériences et appliquer les mêmes principes scientifiques que pour mener des expériences en conditions réelles. Toutes ces étapes sont incontournables », conclut Mark Henryon.
